Motore CP3 a 4 tempi, 3 cilindri, raffreddato a liquido da 890 cc
La R9 è alimentata dal rinomato motore a iniezione CP3 da 890 cc raffreddato a liquido, a tre cilindri, DOHC, 4 valvole per cilindro. Alesaggio e corsa di 78 mm x 62 mm e 11,5: Il rapporto di compressione offre un'eccellente coppia e un'ampia potenza che, in combinazione con il nuovo controllo offerto da Yamaha Chip Controlled Throttle (YCCT), offre prestazioni ottimali sia in pista che su strada. Il rapporto finale, la fasatura di accensione e la mappatura del carburante sono tutti ottimizzati per prestazioni Supersport.